しつこいようですが、この件に関しては細かく情報を追い続けています。
# これまでの関連記事は、こちらとこちら。
【ITMU and High CPU Usage During Scan Update】
http://blogs.technet.com/smsandmom/archive/2006/08/25/451808.aspx
進展があったようです。 スキャン時にCPU使用率100%に達する要因のひとつであった wsusscan.cab フィルの構造・サイズが変更され、（抜本的な解決案ではないものの）これによってリソース使用率が著しく向上したとのことです。
手持ちの検証環境で早速確認してみましたが、確かに大きく改善されていることが確認できました。
環境がやや非力ということもあり、まだ使用率１００％の状況になる時間帯もありますが…
なお、wsusscan.cab の変更に関しては、下記KBにも関連情報が掲載されています。
【Changes to the WSUSScan.cab file】
http://support.microsoft.com/kb/924513/en-us
オープンなBlogのおかげで、日々進捗が見えるのってやっぱりありがたいものですね。