f.y.i.
先日リリースされた SMS 2003 SP3 ですが、Device Management Feature Pack (DMFP) を利用している場合に限り、DMFP管理対象端末のインベントリを収集できなくなる不具合があるようです。
【You cannot use the software inventory method to collect files from a mobile device after you install Microsoft Systems Management Server 2003 Service Pack 3】
http://support.microsoft.com/kb/934206/en-us
対処方法としては、Hotfix が提供されていますのでそれを管理ポイント（MP）に適用します。
私自身はちょっと試せていないのではっきり言えませんが、とりあえず適用しておけば問題ないようです。
SMS の Service Pack ですが、確か SP2 のときも何かの Feature Pack （うろ覚え…）との相性問題が発生していたような記憶があります。
これまで SMS 本体 （サイトサーバーやMP/DP） 関連ではこの手の問題をほとんど聞いていないのですが、やはり Feature Pack レベルになるとテストが十分ではないのか、ちょっとした不具合が発生するケースが多いように感じます。
SMS はいろいろな Feature Pack が提供されていていますが、ものによっては利用者数が相対的に少ない分だけ未知の不具合に遭遇するリスクもそれなりに高まります。Feature Pack を複数利用している環境（や、いろいろ独自カスタマイズしている環境）では、特に十分なテストを行うように心がけたほうがよいです。