手持ちで確認・検証できていないんですが、ちょっと気になる情報。
【Schema Update Not Included in SP3 】
http://www.myitforum.com/articles/8/view.asp?id=10180
一般に Service Pack というのは「最新のものが以前のSPに含まれているすべての機能や修正も累積しているもの」であり、たとえばSP2を適用すればSP1を別途導入する必要がないというのはよく知られていることかと思います。
ですが、今回の SMS 2003 SP3 に関しては、前バージョンであるSP2に実装されている“スキーマ拡張”の部分をどうやらインストール中に実施してくれない模様。
SP2のスキーマ拡張は、管理ポイント(MP)や配布ポイント(DP)、あるいはサイトサーバーを従来のNetBIOS形式だけではなく、FQDN形式でも登録できるようにするための新機能です。これがなくても、従来通りNetBIOSで名前解決できれば特に目に見える問題が発生するわけではありません。
どうも上記記事から判断すると、SP3インストール・プロセスの中にスキーマ拡張を組み込むのを単純に忘れてしまったのかなぁという気がします。
ですので回避策も単純でして、（これも上記ページにそのまま書かれていることですが）
- SMS 2003 SP2 を導入してから SP3 を適用する
- スキーマ拡張の部分だけ手動で実行する（\smssetup\bin\i386\extadsch.exe）
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ぜんぜん私自身では発見できていないのですが、どうもSP3がらみの不具合はそれなりに出てきているようですね。情報が散在していて追うのが大変なんですが、とりあえず新着KBだけでも定期的にチェックしておけば重要なものの大抵はカバーできると思います。
その新着KBですが、英語版でよければKBAlerts, 日本語版（大半は機械翻訳）がよければ公式ページ内の新着サポート技術情報がお勧めです。
どちらもRSS対応していますし、KBAlertsに関してはメール通知機能もあるので使いやすいです。